A trajetória da EMESP Tom Jobim teve início em outubro de 1989. O reitor e primeiro presidente do conselho foi o compositor Antonio Carlos Jobim. Por um longo período foi conhecida como Universidade Livre de Música (ULM) e teve sede no bairro do Bom Retiro. Em 2001, com a transferência das atividades do Bom Retiro para o prédio localizado na Luz, a Escola foi rebatizada como Centro de Estudos Musicais Tom Jobim e, posteriormente, com o seu nome atual: Escola de Música do Estado de São Paulo – Tom Jobim (EMESP Tom Jobim).
Em 2009, a Organização Social Santa Marcelina Cultura passou a administrar a Escola. Foram realizadas melhorias no espaço físico, qualificação das relações trabalhistas (pela efetivação e contratação de professores, por processo seletivo e em regime da CLT) e a estruturação de uma nova proposta pedagógica, com ênfase nas aulas de instrumento e na prática coletiva de música.
